Curso Teórico-prático De Assinalamento E Determinação De Estrutura De Proteínas Por Rmn Em Solução - Dia 3

NÚMERO DE CRÉDITOS: 02 

PROFESSORES: Gisele Cardoso de Amorim e Ramon Pinheiro Aguiar - UFRJ

LIMITE DE VAGAS: 20

PRÉ-REQUISITO RECOMENDADO: não há.

OBJETIVOS: 

O curso tem por objetivo preparar o participante para o assinalamento das ressonâncias de proteínas, abordando a preparação da amostra, os experimentos e as estratégias utilizados. O curso também abordará os métodos de cálculo de estrutura de proteínas por RMN em solução. Utilizaremos os programas CcpNmrAnalysis e ARIA para uma abordagem semi-automática e integrada. Os participantes deverão levar seus computadores pessoais, e ter uma conta no NMRbox (https://nmrbox.nmrhub.org/signup), onde encontramos todos os programas necessários para o curso. Caso tenham dados próprios para assinalamento e cálculo de estrutura, poderão levá-los.

PROGRAMA 

Teoria (1 dia)

Assinalamento

Avaliação inicial da amostra

Estratégias mais comuns de assinalamento

Assinalamento da cadeia principal 

Assinalamento das cadeias laterais alifáticas

Assinalamento de cadeias laterais de resíduos aromáticos

Assinalamento de isômeros cis e trans de prolinas

Cálculo da estrutura

Prática (2 dias)

Assinalamento

Introdução ao uso do software CcpNmrAnalysis

Criação e set up do projeto

Assinalamento da cadeia principal: estratégias utilizando experimentos 2D e de tripla ressonância

Assinalamento das cadeias laterais alifáticas

Assinalamento de cadeias laterais aromáticas

Cálculo da estrutura

Cálculo baseado em NOE

Introdução ao cálculo integrando os programas CcpNmrAnalysis e ARIA

Determinação dos ângulos de diedro baseada no deslocamento químico (DANGLE e TALOS)

Ligações de hidrogênio

Montagem do projeto no ARIA

Cálculo no ARIA

Interpretação dos dados gerados no ARIA usando o CcpNmrAnalysis

REFERÊNCIAS

CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis.

Skinner SP, Fogh RH, Boucher W, Ragan TJ, Mureddu LG, and Vuister GW.

2016 Journal of Biomolecular NMR, 66(2), 111–124

The CCPN data model for NMR spectroscopy: Development of a software pipeline. Vranken WF, Boucher W, Stevens TJ, Fogh RH, Pajon A, Llinas M, Ulrich EL, Markley JL, Ionides J, and Laue ED. 2005 Proteins: Structure, Function and Genetics, 59(4), 687–696.

Demais informações:

• ALMOÇO: 12h30 às 14h00
• COFFE-BREAK: 10h00 às 10h30 e 16h00 às 16h30